O Observatório das Metrópoles tem origem no projeto Avaliação da Conjuntura Social e do Desempenho das Políticas Públicas na Região Metropolitana do Rio de Janeiro cujo objetivo era analisar as transformações do quadro de carências e desigualdades sociais na RMRJ ao longo da década de 80, financiado pelo Banco Mundial/Prefeitura do Rio de Janeiro. Este projeto possibilitou a constituição de uma parceria entre o Instituto de Pesquisa e Planejamento Urbano e Regional da Universidade Federal do Rio de Janeiro – IPPUR/UFRJ, o Programa de Urbanismo também da UFRJ e a organização não governamental Federação de Órgãos para a Assistência Social e Educacional – FASE, tendo como temática central a reflexão sistemática sobre novos desafios metropolitanos do modelo de política urbana desenhada na Constituição Federal de 1988 e afirmado com a constituição do Movimento Nacional da Reforma Urbana, diante das transformações econômicas do final dos anos 1980.